Dan berikut adalah lirik lagu Ya Syaikhona dalam tulisan Arab, tulisan latin dan juga artinya:
مَعَ السَّلاَمَةَ فِی أَمَانِهْ شَيْخَنَا
اَللهُ رَبِّ ارْحَمْ مُرَبِّی رُوْحِنَا… يَا رَبَّنَا
Ma’as-salaamah fii amaanih Syaikhonaa
Allaahu Robbi-rham murobbii ruuhinaa (Yaa Robbanaa)
Selamat jalan semoga dalam keselamatan wahai guruku,
Ya Allah Tuhanku, rahmatilah pendidik jiwa kami (wahai Tuhanku)
عَيْنُ الْمُحِبِّ بِالدُمُوْعِ حَازِنَا
رَوْعًا عَلَی افْتِرَاقِ مَنْ قَدْ أَحْصَنَا… يَا شْيْخَنَا
‘Ainul muhibbi biddumuu’i haazinaa
Rou’an ‘alaa-ftirooqi man qod ahshonaa (Yaa Syaikhonaa)
Mata penuh cinta dipenuhi air mata, sedih karena akan berpisah dari sosok yang memberi (kemuliaan) pada kami (wahai guru kami)
رَوَضَّنَا بِأُسْوَةٍ مَحَاسِنَا
شَرَفَهُ اللهُ فِی جَوَارِ نَبِيِّنَا… يَا رَبَّنَا
Rowwadlonaa bi uswatin muhaasinan
Syarrofahullaahu fii jiwaar nabiyyinaa (Yaa Robbanaa)
Beliau mengajari kami dengan teladan-teladan yang baik,
Semoga Allah memuliakannya berada bersama Nabi kami (wahai Tuhanku)
وَنَتَبِعْ عَزْمَكْ وَکُنْتَ مُتْقِنَا
أَرِحْ وَنَوْمًا گالعْرُوْسِ آمِنَا… يَا شَيْخَنَا
Wa nattabi’ ‘azmak wa kunta mutqinaa
Arih wa nauman kal ‘aruusi aaminaa (Yaa Syaikhonaa)
Kami tunduk akan kehendakMu dan kau sosok yang dipatuhi,
beristirahatlah dan tidurlah dengan tenang bak pengantin (wahai guru kami)
فَاعْفُ إِذَا لَمْ تَرْضَ مِنْ أَعْمَانِنَا
دَوْمًا دُعَاءً رَبَّنَا اغْفِرْ شَيْخَنَا… يَا رَبَّنَا
Fa’fu idzaa lam tardlo min a’maaninaa
Dauman du’aa-an robbanaa-ghfir syaikhonaa (Yaa Robbanaa)
Maafkan kami bila ada yg tidak berkenan dihati selama masa belajar kami,
kami senantiasa berdoa: Ya Tuhanku ampunilah guru kami (wahai Tuhanku)